Onemocnění má obvykle dvoufázový průběh. Po uplynutí inkubační doby, která je obvykle 3-30 dní, dojde k rozvoji první fáze onemocnění. Nemocný se cítí unaven, bolí ho hlava, svaly, v krku a má zvýšenou teplotu. U některých pacientů může nemoc touto fází skončit a dojít k úplnému uzdravení. Přibližně u jedné třetiny infikovaných pacientů první fáze chybí a onemocnění se projeví rovnou druhou fází.Ta má průběh podstatně závažnější. Projevuje se typickými příznaky pro postižení centrální nervové soustavy. Nemocný si stěžuje na prudké bolesti hlavy, zvrací, objevuje se strnutí šíje, spavost a poruchy vidění.
Akutní fáze onemocnění trvá 1-3 týdny. Kromě subjektivních příznaků se objevují i chabé obrny končetin a hlavových nervů ovlivňující pohyby oka a mimiku obličeje. Obecně u dětí probíhá onemocnění lehčeji než u dospělých. Doba léčení trvá nejméně 3 týdny. U menšího počtu pacientů dochází ke vzniku trvalých postiženích: obrny převážně jedné ze dvou horních končetin, chronické bolesti hlavy, poruchy schopnosti soustředění, snížená výkonnost a deprese. Pouze ve výjimečných případech dochází k úmrtí.

Vakcína vůči klíšťové encefalitidě se používá pro aktivní imunizaci dětí starších jednoho roku a dospělých osob. V případě potřeby, např. při zvýšeném výskytu infikovaných klíšťat a zvýšeného rizika přenosu infekce, je možné očkovat i děti mladší jednoho roku stejnou vakcínou, ne však dříve než od 6 měsíců věku.
Postexpoziční profylaxe očkováním proti klíšťové encefalitidě se obvykle nedoporučuje, protože protekce po očkování může být dosažena až několik dní po inkubační době onemocnění.
Pro děti ve věku od 1 do 16 let se podává dětská verze vakcíny FSME-Immun junior, pro osoby starší 16 let let určena dospělá varianta této vakcíny. Podobně existuje dětská i dospělá varianta vakcíny Encepur. Dětská je určena k aktivní imunizaci dětí ve věku od 1 do 12 let, zatímco dospělá pro všechny osoby starší 12 let.

Dávkování:
Jedna dávka vakcíny bývá pro "dospělé osoby" ve velikosti 0,5 ml, zatímco dětská varianta vakcíny má velikost 0,25 ml. Primární imunizace je prováděna třemi dávkami. Druhá dávka se podává po 1 až 3 měsících a třetí dávka po 5(9) až 12 měsících. Toto očkování se označuje jako "pomalé" nebo "konvenční" schéma očkování. Dosažení úplné ochrany vůči klíšťové encefalitidě je časově náročné, a proto existuje alternativní způsob očkování podle tzv. zrychleného schématu očkování, kdy druhá dávka vakcíny se podává po 14 dnech, což u očkované osoby zajistí rychlé vytvoření séroprotekce. Tyto osoby jsou do jednoho měsíce po očkování 2 dávkami krátkodobě chráněny (tj. po dobu 6-12 měsíců) vůči klíšťové encefalitidě. Pro vytvoření dlouhodobé ochrany se podává třetí dávka po 5-12 měsících. Toto zrychlené schéma platí pouze pro vakcínu FSME-Immun. Jiné tzv. zkrácené schéma očkování je tvořeno třemi dávkami, které se podávají po 7 dnech a po 14 dnech.
U osob s imunodeficiencí nebo osob starších 60 let se doporučuje rozšířit základní očkování o jednu dávku navíc, pokud nebyla dosažena dostatečná séroprotekce.

Boosterující (posilující) imunizaci tvoří jedna vakcinační dávka podaná po 3 až 5 letech. Bylo-li předešlé očkování prováděno s vakcínou FSME-Immun, pak druhý booster (posilující dávka, přeočkování) lze podat až po 5 letech. První booster po základním očkování s vakcínou FSME-Immun se doporučuje vždy provádět po 3 letech. U osob starších 60 let se doporučuje podávat posilující dávky s vakcínou FSME-Immun vždy po 3 letech.
Naopak u vakcíny Encepur platí podle doporučení výrobce posilující očkování prováděné vždy po 3 letech bez ohledu na počtu předešlých posilujících dávek.
V případě, že osoba byla očkována podle zkráceného schématu očkování, doporučuje se podat navíc jednu dávku po 12-18 měsících po ukončení základního očkování.

Způsob podání:
Vakcína se podává intramuskulárně, nejčastěji nad úpon deltoidního svalu nebo do horního zevního kvadrantu hýžďového svalu. Ve výjimečných případech, např. při hemoragické diatézi, může být vakcína podávána rovněž subkutánně. Vakcína se nesmí aplikovat nitrožilně.

A) Protektivní meze
Minimální protektivní titr protilátek neutralizující viry klíšťové encefalitidy (flaviviry) byl definován na základě imunity získané po prožití tohoto onemocnění, tj. tato hladiny je >= 1:10 při stanovení pomocí virus-neutralizační metody [5,6].
Séroprotekce je dosažena již tehdy, je-li titr protilátek specifických vůči klíšťové encefalitidě vyšší než ředění séra >= 1:10 - stanovení neutralizačním testem nebo je-li hladina těchto protilátek stanovených metodou ELISA v rozmezí 100-150 EU/ml (v závislosti na komerčním typu soupravy, tj. např. ve vídeňských jednotkách je tento titr >=126 VIEU/ml, v jednotkách Novatec >= 100 NTU/ml apod.). Obdobným způsobem se definuje i sérokonverze na základě stejných hodnoty séroprotektivních hladin. V minulosti byla sérokonverze také definována jako 4násobný nárůst protilátek po očkování vzhledem ke stavu před očkováním. Bez ohledu na použitou komerční vakcínu bývá séroprotekce dosažena u více než 95% očkovanců po podání druhé dávky. Pouze u malých dětí v rozmezí 6 až 12 měsíců bývá sérokonverze nižší, zhruba 70% a to v závislosti na hladině mateřských protilátek specifických vůči klíšťové encefalitidě [7], které s očkováním interferují.
Zpravidla se v praxi k určení hladiny protilátek používají častěji metody ELISA [9]. Tato metoda má jedno významné úskalí, neboť detekuje nejen ochranné protilátky proti klíšťové encefalitidě, ale i další konformační protilátky, které s touto ochranou nesouvisí a navíc stanovuje i křížově reagující protilátky [10], získané očkováním proti jiným onemocněním vyvolaným flaviviry, jako je např. žlutá zimnice nebo japonská encefalitida. Mezi tyto křížově reagující protilátky patří i protilátky vzniklé při nákaze horečkou dengue nebo horečkou Západního Nilu a dalšími arbovirovými nákazami. Při zvyšující se celosvětové migraci obyvatel je tedy vyšší riziko falešné pozitivity provedené tímto stanovením (ELISA), a proto se doporučuje, je-li to možné, provádět toto testování neutralizačním testem [8]. ELISA poskytuje dostatečně kvalitní výpověď o získané ochraně jen u osob, které nebyly vystaveny arbovirovým nákazám nebo nebyl proti nim očkovány.
Jsou-li sérokonverze a séroprotekce po očkování dvěma dávkami měřeny metodou ELISA, zpravidla dosahují tyto parametry 100%, zatímco při měření neutralizačním testem jsou hodnoty >96% [11,24].

B) Imunogenita a klinická účinnost
Obě komerční vakcíny prokázaly, že byly i jsou vysoce účinné. Jenda randomizovaná studie fáze II s vakcínou Encepur zaznamenala až 100% sérokonverzi (stanovenou metodou ELISA) po podání 2 dávek [1] a nepublikovaná studie s vakcínou FSME-Immun dosahovala po podání 2 dávek sérokonverze 98,2% (stanovení s metodou ELISA). Vzhledem k tomu, že nebyla stejně stanovena kritéria sérokonverze nelze tyto výsledky obou vakcín přímo srovnávat na základě těchto studií. Ostatní studie s vakcínou FSME-Immun zaznamenaly sérokonverzi 99,5%-100% po podání tří dávek [2,24].
Metodou ELISA stanovená sérokonverze ukazuje, že po první dávce vakcíny Encepur vzniká 50% sérokonverze, po druhé 98% a 99% po třetí dávce vakcíny. Při zrychleném schématu očkování je dosažena 90% sérokonverze již po podání druhé dávky a 99% sérokonverze po podání třetí dávky [3].
Imunogenita po primární imunizaci s vakcínou FSME-Immun jak u dětí [15-18,40] tak u dospělých [12-14,37-39] byla v posledních letech hodnocena v řadě velkých klinických studií. I když ne ve všech studiích byla schémata očkování shodná (tj. např. druhá dávka se podávala po 21-35 týdnech a třetí mezi 6.-10. měsícem po zahájení očkování), dosahovaly sérokonverze stanovované jak ELISA metodou tak neutralizačním testem vždy po jednom měsíci po očkování vysoké hodnoty (>90%). U dospělých byly tyto sérokonverze již po podání druhé dávky mezi 92,9-97% a po třetí dávce 100%. U dětí se sérokonverze měnily v závislosti na věku v rozmezí 98,5-100% po podání druhé dávky a po třetí dávce byla sérokonverze u všech dětí 96-100% [26].
Nejen u dospělých [36,41], ale i u dětí je možné využívat zrychlené schéma očkování, tj. podávat druhou dávku po 10-14 dnech po podání první dávky. Výsledky takových studií potvrzují vysokou sérokonverzi (až 95% při stanovení metodou ELISA, zatímco při stanovení hemaglutinační inhibicí byla sérokonverze 92%) po 1 měsíci po zahájení očkování dětí ve věku 8-14 let [20]. Tento výsledek odpovídá 94% sérokonverze po podání druhé dávky v rámci konvenčního schématu očkování, který byl zjištěn ve studii se 17 zařazenými dětmi (u nichž hladiny protektivních protilátek byly stanovány hemaglutinační inhibicí).
V jedné klinické studii byla sledována tvorba specifických protilátek během prvních 42 dní po podání 2. dávky vakcíny podle zrychleného schématu očkování s vakcínou FSME-Immun, tj. druhá dávka byla podána v intervalu 10-14 dní po podání první dávky [21]. Sledování bylo prováděno celkem u 56 séronegativních zdravých dospělých osob ve věku 16-65 let. Už 14 dní po podání 2.dávky došlo u více než 92% očkovanců ke vzniku protilátek v množství vyšším než protektivní hladina (>=126 VIEU/ml). Sérokonverze se do 42. dne po očkování zvýšila až na 98,2%. Ve 21. dni byl geometrický průměr hladin protilátek nejvyšší (593,2 VIEU/ml), což odpovídá stejnému výsledku získaného po očkování při konvenčním schématu.
I když se považují první dvě dávky vakcíny proti klíšťové encefalitidě za dostatečné pro tvorbu spolehlivé ochrany pro většinu očkovaných osob, není tato ochrana dlouhodobá a přetrvává zhruba 12 měsíců (někdy i kratší dobu). Dokonce bylo zjištěno, že toto očkování častěji selhává u osob očkovaných pouze 2 dávkami (asi 4krát více) než u osob očkovaných více než 3 dávkami (tj. po základním očkování a podání jedné booster dávky) [25].

MV posledních letech bylo provedeno rovněž několik velkých klinických studií s vakcínou Encepur a to u osob ve věku 12 až 76 let (dospělá verze vakcíny, n>3.000 osob) a dětí ve věku 1-11 let (dětská verze vakcíny, n=390), které mimo bezpečnosti obou forem vakcín měly zhodnotit i jejich imunogenity. Tyto studie ověřily vysokou sérokonverzi (až 100%) po podání prvních 3 dávek ve zkráceném schématu očkování, tj. 0,7 a 21. den [22,23].
Podávání poloviční dávky vakcinačního antigenu v dětské verzi vakcíny je stejně imunogenní jako plná dospělá dávky [27-29] a platí to pro obě komerční vakcíny.
I když není očkování proti (středoevropské někdy označované jako západní) klíšťové encefalitidě doporučováno pro získání ochrany vůči ostatním flavivirům, ukazuje se, že toto očkování na myších vytváří křížovou ochranu i vůči ruské a asijské klíšťové encefalitidě [4].
Klinická účinnost očkování proti klíšťové encefalitidě je dostupná pouze pro vakcínu FSME-Immun, neboť tato vakcína je používána delší dobu než vakcína Encepur a používá se v masivním měřítku již několik desítek let v Rakousku. Díky tomu je možné hodnotit incidenci klíšťové encefalitidy na velké souboru dat z jednoho regionu [24,25].

Protektivní účinnost vakcíny FSME-Immun podávané ve schématu 0, 2 týdny až 3 měsíce a 5 až 15 měsíců dosahovaly v Rakousku 95,6-100% po podání druhé dávky a 96-99% po podání více než 3 dávek [25].
Podobně jako u dospělých byla klinická účinnost odhadnuta i u dětí [29]. U dětí ve věku 0-14 let se odhaduje na 98,5% a u mladistvých ve věku 15-19 let až na 100%.

C) Perzistence
Podle jedné z provedených studií u 430 osob očkovaných více než 3 dávkami vakcíny FSME-Immun (tj. včetně jedné booster dávky) se imunitní odpověď udržuje na protektivní úrovni ještě 8 let po očkování, tj. po podání poslední booster dávky [30].
Původní studie ukazovaly, že ještě 6 let po očkování s vakcínou FSME-Immun zůstává vysoký počet osob séropozitivní [24], až 91% osob při stanovení metodou ELISA a 82% osob při stanovení hemaglutinačním testem.

I když i vakcína Encepur vyvolává vysokou dlouho přetrvávající séroprotekci (ještě po 36 měsících po podání prvních 3 dávek), která byla potvrzena v několika nových studiích [31-33] a která potvrzuje potřebu dalšího posilující očkování až po více než 3 letech [34], zůstává nadále v oficiálním doporučení výrobce provádět booster imunizaci každé 3 roky.
V případě, že dojde k promeškání řádného termínu pro podání posilující dávky, lze jeden booster podat kdykoli později, není-li doba od posledního boosteru s vakcínou FSME-Immun delší než 8 let [35]. V takovém případě je vhodné provádět sérologické vyšetření po podání tohoto boosteru a není-li hladina protektivních protilátek dostatečně vysoká (tj. nad protektivní mezí), pak je třena očkování zahájit od počátku.
Na rozdíl od jiných infekčních onemocnění, která mají relativně dlouhou dobu inkubace, je třeba v případě tohoto očkování se nejen spoléhat na imunologickou paměť vytvořenu po očkování či prodělání infekce, ale i na aktivní přítomnost protilátek nad protektivní mezí. Je to z důvodu toho, že inkubace onemocnění klíšťovou encefalitidou je krátká (tj. zhruba 3-30 dní), což je doba, během které by se nemusely včas vytvořit dostatečně protektivní hladiny protilátek v důsledku aktivace imunologické paměti po expozici klíšťové encefalitidy.

- Osoby s akutním horečnatým onemocněním nesmí být očkovány minimálně do 2 týdnů po úplném vyléčení.
- Známé těžké alergické reakce na alespoň jednu ze složek vakcíny jsou kontraindikací pro očkování TBE vakcínou.
- U osob s aktivní neléčenou TBC, u pacientů léčených ACTH, kostikosteroidy, zářením, alkylujícími činidly nebo antimetabolity, u pacientů s leukémií, lymfomy či jinými neopláziemi, postihující kostní dřeň či lymfatický systém a u pacientů s prokázanou závažnou poruchou imunity může být TBE očkování kontraindikováno.
- Pokud po imunizaci dojde ke vzniku komplikací, pak imunizace další dávkou téže vakcíny je kontraindikována do té doby, dokud nejsou vyjasněny příčiny této komplikace.
- Těhotenství může být kontraindikací pro očkování vůči klíšťové encefalitidě.

Uvedené vakcíny jsou vhodné pouze pro oblasti střední Evropy. Tato vakcína nechrání vůči ostatním virovým encefalitidám, vyskytujícím se ve východní Evropě nebo Asii.
Očkování proti klíšťové encefalitidě není vázáno na určité roční období a může být prováděno kdykoli. Klinické studie a lékařské zkušenosti nepotvrdily obavy z těžšího průběhu tohoto infekčního onemocnění, za předpokladu, že osoba byla krátce před přisátím infikovaného klíštěte neúplně očkovaná.
Výjimečně existuje možnost vzniku anafylaktického šoku a je vždy nutné postupovat tak, aby tato možnost byla včas eliminována.

Před očkováním se doporučuje zhodnotit zdravotní stav očkované osoby. Je-li třeba, očkování se odloží do té doby, dokud zdravotní stav očkované osoby neumožní provést imunizaci. V případě známého autoimunního onemocnění nebo podezření z oslabeného imunitního systému, stejně jako na jeho nevyzrálost, je třeba vždy individuálně posoudit prospěch a riziko tohoto očkování a případně vliv na stávající onemocnění. Podobně to platí i pro neurologická onemocnění (zejména onemocnění mozku).

Dojde-li k přisáti klíštěte do 14 dní po podání 1. dávky vakcíny, doporučovalo se u osob starších 14 let bezprostředně nebo nejpozději do 96 hodin zahájit pasivní imunizaci specifickým imunoglobulínem (FSME-Bulin). Tento způsob v současnosti již není možný, neboť specifický imunoglobulín se již nevyrábí. Bylo-li zjištěno přisáté klíště v období mezi podáním první a druhé dávky vakcíny proti klíšťové encefalitidě, druhá dávka se podává zpravidla po 4 týdnech po přisátí klíštěte, pokud nedošlo ke vzniku onemocnění.

Imunitní odpověď po očkování může být snížena u osob s imunosupresivní léčbou nebo u imunodeficitních osob. U těchto pacientů se obvykle doporučuje provést sérologické vyšetření získané imunity a případně posílit jejich imunitu podáním další vakcinační dávky. V případě osob s chronickou imunodeficiencí (např. HIV pozitivních osob) se očkování doporučuje i tehdy, dojde-li k vytvoření pouze omezené protilátkové odpovědi. Podobně lze očkovat pacienty po splenektomii, transplantaci, pacienty s chronickým onemocněním ledvin, s diabetem apod.

Stejně jako u všech přípravků biologické povahy nelze vyloučit projev přecitlivělosti vůči některé ze složek vakcíny, a proto je třeba mít při očkování k dispozici adrenalin v ředění 1:1.000 nebo kortikosteroidy pro snížení projevů těchto reakcí vzniklých bezprostředně po očkování. Z tohoto důvodu by měla být očkovaná osoba pod dohledem lékaře 30 minut po aplikaci vakcíny.
TBE vakcína se nesmí v žádném případě podávat intravenózně.

I kdy ž TBE vakcína může být za podmínek povolených místními předpisy podávána souběžně s jinými očkovacími látkami, např. proti záškrtu, tetanu a dávivému kašli, proti dětské přenosné obrně (perorální živá i inaktivovaná vakcína), proti Haemophilus influenzae typu b, proti virové hepatitidě typu B a dalším infekčním onemocněním, běžně se simultánní očkování nedoporučuje, neboť se může snížit účinnost všech souběžně prováděných očkování.
Je-li očkování prováděno dříve než 4 týdny po pasivní imunizaci specifickým imunoglobulínem, může dojít ke snížení vakcinačního účinku.
Je-li očkovací látka používána simultánně s jinou vakcínou nebo imunoglobulínem, podává se do jiného místa vpichu jinou injekční stříkačkou a jehlou. Vakcína nesmí být míchána s jinými léky nebo vakcínami v jedné injekční stříkačce.
U osob léčených kortikosteroidy nebo imunosupresivními látkami, může být imunitní odpověď snížena nebo pochybná. Z tohoto důvodu se vakcinace u těchto osob může odložit až na dobu 3 měsíců po ukončení léčby imunosupresivními látkami nebo se u nich provádí sérologické vyšetření a podle stavu získané imunitní odpovědi se případně očkování doplní o další vakcinační dávku.

Přestože vliv očkování proti klíšťové encefalitidě na vývoj plodu není znám, provádí se toto očkování v době těhotenství jen tehdy, je-li riziko možné nákazy větší než riziko očkování.
Kojení není považováno za kontraindikaci pro TBE očkování, přesto jej někteří výrobci doporučují jen v ojedinělých případech.

Vakcíny vůči klíšťové encefalitidě mají obvykle dobu použitelnosti >=24 měsíců, jsou-li skladovány v lednici v neporušeném obalu při teplotě od +2°C do +8°C. Po uplynutí doby použitelnosti uvedené na obalu se vakcína nesmí používat. Vakcínu je nutné chránit před světlem. Vakcínu FSME-Immun lze používat při správném skaldování až po dobu 30 měsíců, zatímco vakcínu Encepur za stejných podmínek 24 měsíců.

Vakcína by měla být před aplikací důkladně protřepána a opticky zkontrolována na přítomnost cizorodých částic. Během uchovávání se může vytvořit bílá usazenina s bezbarvým supernatantem. Vzhled vakcíny po protřepání musí odpovídat mírně kalné bílé suspenzi bez větších částic. V případě, že vzhled nevyhovuje, je třeba vakcínu vyřadit a nepoužívat. Vakcína musí být spotřebována do 8 hodin po jejím vybalení z vnitřního obalu. Nespotřebovanou vakcínu nelze dále skladovat či aplikovat a je třeba ji vyřadit.