Každá vakcína je dodávána s příbalovou informací, kde jsou kromě jiného uvedené všechny kontraindikace pro daný druh očkování s ohledem na konkrétní očkovací látku. Navíc existuje souhrn vlastností přípravku (tzv. SPC), ve kterém se uvádějí některé specifikace podrobněji. Někdy však obecná ustanovení se liší od těch uváděných v příbalové informaci nebo SPC od výrobce. Například podle ACIP není očkování proti virové hepatitidě typu B v těhotenství kontraindikováno, zatímco výroci uvádějí, že v těhotenství je toto očkování možné pouze tehdy, pokud je nezbytně nutné.
Kontraindikace a upozornění mohou být obecná a platí pro všechny typy vakcín, nebo mohou být specifická pro jednu či více vakcín. Pro všechny vakcíny platí:
1) mimořádně závažné reakce s alteracemi celkového stavu po předchozím očkování dané vakcíny;
2) anafylaktická reakce na vakcinační nebo pomocnou složku očkovací látky kontraindikuje další očkování stejnou očkovací látkou nebo další očkování stejného typu;
3) očkování je obecně kontraindikováno v případě aktuního onemocnění s mírným nebo těžkým průběhem bez ohledu na existenci doprovázející teploty.
Skupinovou obecnou kontraindikací může být také imunosupresivní léčba či oapkovaně laboratorně prokzané imunodeficitní onemocnění pro očkování živými vakcínami. Přesto existují u těchto pacientů okolnosti, za kterých je možné u nich očkování živými vakcínami provádět, např. nízké dávky kortikosteroidů, HIV s nízkým stupněm imunosuprese apod.
Podobně je očkování některými živými vakcínami (MMR, OPV, IPV, žlutá zimnice a plané neštovice) kontraindikováno u těhotných žen, u nichž existuje teoretické riziko pro plod. Přesto existují situace (očkování OPV nebo IPV, očkování proti žluté zimnici), kdy lékař musí zvážit toto teoretické riziko vzhledem k ohrožení infekčním onemocněním s možnými vážnými následky pro těhotnou matku a její plod.
V žádném případě nelze podceňovat kontraindikace i upozornění pro každé očkování, přesto však při přehnané opatrnosti může lékař mylně považovat stav očkované osoby za kontraindikaci pro imunizaci. Obecné tzv. falešné kontraindikace jsou: